A comissão estratégica, também chamado grupo de trabalho (GT) estratégico do PEnO foi criado em 2019 e é composto pela atual coordenação e por ex-coordenadores do programa. A missão principal do GT Estratégico é auxiliar a Coordenação do PEnO na definição do planejamento do Programa e na autoavaliação dele, ingredientes de qualidade considerados essenciais pela CAPES. O GT estratégico é responsável pela análise dos resultados e tomada de decisões sobre ações de melhoria e atualização das metas vigentes do PEnO.

Os integrantes desse GT são: